Depois de séculos de Mortal Kombat, o imperador Shao Kahn finalmente derrotou Raiden e seus aliados. Enfrentando sua própria destruição, Raiden tem uma última chance. Para desfazer a vitória do imperador, ele precisa atingir Shao Kahn onde ele é mais vulnerável, que é no passado. Trazendo mais uma aventura ao Raiden.
Em Mortal Kombat Komplete Edition, mais quatro lutadores chegam para disputar o torneio: Skarlet, Rain, Kenshi e o Freddy Krueger. O game também possui 15 Klassic Skins, uniformes clássicos para os personagens originais, exclusivamente para a edição brasileira do jogo.
